一、办公室。负责文电、会务、机要、档案等机关日常工作，承担信息、安全、保密、信访工作，承担对外宣传、新闻发布、舆情管理、政务公开工作，承担机关突发重大事件应急处置和后勤服务工作，指导全县畜牧业信息化建设；承担机关和直属单位的人事管理、机构编制工作，负责机关离退休干部工作，指导直属单位的离退休干部工作；指导实施畜牧业科技项目和技术推广工作，组织开展畜牧业科技教育和培训工作；拟订并实施畜牧业经济发展战略、中长期发展规划，编制年度计划；提出扶持畜牧业发展的财税、金融保险、进出口等有关措施建议；承担畜牧业投资和项目的计划与监督管理工作；编报部门预算并组织执行；承担机关财务和资产管理工作，指导监督直属单位财务管理、国有资产管理、政府采购和招投标管理工作；组织开展内部审计和行业审计；承担畜牧业外资项目管理工作。机关党委。负责局机关及直属单位的党群工作。
二、畜牧股。指导全县畜牧业发展；负责畜牧业发展有关规划实施工作；参与扶持全县畜牧业发展的政策研究并组织落实；指导畜牧业结构调整、规模化养殖和产业化发展；拟订畜禽改良规划，组织开展畜禽遗传资源登记、保护和开发利用工作；组织开展畜禽新品种培育和推广工作；依法负责种畜禽生产经营监督管理工作；指导全县畜牧业生产环境保护工作，依法负责畜禽规模养殖废弃污染物综合利用的指导和服务工作；负责全县畜牧业生产监测、预警和行业统计工作；拟订奶业发展规划、计划并组织实施；指导奶源基地建设、标准化生产和奶畜养殖管理；指导生鲜乳收购站布局规划和建设，负责生鲜乳收购站监督管理工作；负责生鲜乳生产环节、收购环节监督管理工作；制定并组织实施生鲜乳质量安全监测计划；指导建立养殖档案和生鲜乳收购、销售、检测记录；负责饲草饲料资源保护和开发利用工作；组织饲料行业新技术、新产品推广应用；负责草场建设、保护和监理工作；承担饲料工业统计工作。
三、防疫检疫股。组织制定并实施全县动物疫病防治规划、动物防疫检疫基础设施建设规划；组织开展动物防疫工作，承担重大动物疫病强制免疫疫苗管理工作，归口管理兽医行政执法和技术支持机构；研究制定突发重大动物疫情应急管理预案、应急处置技术规范和操作规程；组织制定全县重大动物疫情应急体系建设规划；具体组织内乡县重大动物疫情应急信息化指挥系统建设；组织县级重大动物疫情应急物资储备库建设，负责应急储备资金、物资管理和调度工作；负责组织开展重大动物疫病防控日常应急培训和应急处置演练工作；组织突发重大事件应急处置工作；负责突发重大动物疫情应急预备队伍和技术专家组建设管理。
四、畜产品质量安全管理股。负责从畜禽养殖环节及食用畜禽产品进入批发、零售市场或生产加工企业前的质量安全监督管理；拟订并组织实施畜产品质量安全监测检验体系建设规划和质量监测检验计划；组织开展全县畜牧、兽医、饲料行业标准化工作；负责畜产品质量安全监督管理工作；组织畜产品质量安全状况评估，会同有关部门发布畜产品质量安全信息；组织协调畜牧业生产资料市场整治规范工作；负责无公害畜产品产地认定和产品认证并承担相应责任；组织畜牧业重大问题调研，提出畜牧业产业保护和发展等措施建议；负责饲料中添加“瘦肉精”等违禁物质监管工作；负责制定饲料产品和牧草种子监测抽检计划；指导饲料企业执行饲料质量安全管理规范；负责饲料行业质量监督管理工作；组织制定饲料工业发展和草原保护建设措施、规划并组织实施；监督执行饲料产品质量标准和行业技术规范。
五、医政药政股。承担官方兽医、执业兽医管理工作，拟订并组织实施全县兽药发展规划，负责兽药生产企业、经营企业和兽药使用环节的监督管理工作，拟订兽药质量监测检验体系建设规划和兽药质量监督抽检、兽药残留监控计划，承担动物病原微生物实验室安全管理工作。
六、政策法规股。承担畜牧业执法监督工作；指导全县畜牧系统依法行政和法制宣传教育工作；承担行政复议、行政应诉工作；承担机关有关规范性文件合法性审核工作。
七、内乡县畜禽屠宰管理办公室。拟订全县畜禽屠宰行业发展规划并组织实施，负责畜禽屠宰行业统计工作；负责畜禽屠宰环节质量安全监督管理工作，组织开展监督检查、技术鉴定等活动。