根据单位工作职责，设立8个内设机构。办公室、执法监察和行政审批服务股、自然资源调查监测股、内乡县自然资源确权登记局、国土空间规划和建设规划管理局（国土空间用途管制股）、耕地保护和生态修复股、自然资源开发利用股（矿业权管理股）、测绘地理信息管理股。下设湍东分局、不动产登记服务中心、测绘队、土地储备中心、监察大队、地产交易中心、土地整理中心、内乡县菊潭地产评估责任有限公司8个局属单位，下辖城关、灌涨、王店、余关、七里坪、马山、板场、夏馆、大桥、师岗、瓦亭、桃溪、乍曲、赵店、赤眉15个国土资源所。